In nici douazeci de ani, relatiile politice dintre Romania si Moldova s-au deteriorat considerabil. Istoria comuna a celor doua tari a devenit tot mai mult o istorie paralela, cu Bucurestiul devenit acum un dusman pentru regimul comunist de la Chisinau.
In primele luni din anul 1990, legaturile dintre cele doua tari aveau sa ajunga la apogeu. Moldova si Romania se redescopereau, legaturile dintre ele stateau sub semnul prieteniei fratesti, cetatenii din cele doua state circulau liber si se bucurau de proiectele gen "podul de flori".
Chisinaul oficializeaza "limba majoritatii" (nu se vorbea totusi oficial de limba romana), introduce alfabetul latin, adopta tricolorul, insa toate aceste lucruri vor duce la proteste din partea rusofonilor. In august 1991, Transnistria isi declara independenta, iar in martie anul urmator presedintele Mircea Snegur autoriza interventia militara impotriva fortelor rebele. Pe 21 iulie 1992 se semna un acord de incetare a focului, insa conflictul din Transnistria va duce pentru prima data la acuzarea Romaniei de interventie in treburile interne ale altui stat.
Primele discutii oficiale, la nivel de presedinti, vor avea loc intre anii 1992-1993, cu vizite reciproce ale celor doi sefi de stat de atunci, Ion Iliescu si respectiv Mircea Snegur. Relatiile dintre cele doua state erau cel putin cordiale.
O treptata racire se constata in timpul mandatului presedintelui Petru Lucinschi, chiar daca acesta se va intalni de mai multe ori si cu Emil Constantinescu si cu Ion Iliescu (il al doilea sau mandat). Se poate spune ca relatiile bilaterale nu erau nici bune, nici rele, ci inghetate.
Ajungerea la putere, in aprilie 2001, a liderului Partidului Comunistilor, Vladimir Voronin, nu prevestea schimbari majore. La doar o luna de la instalarea sa la putere, Voronin facea o vizita oficiala la Bucuresti si isi manifesta deschis interesul ca tara sa sa aiba o orientare pro-europeana.
In ianuarie 2005, presedintele Traian Basescu reconfirma – in cadrul unei intalniri cu Voronin in care s-au ciocnit "pahare fratesti" – ca Moldova va fi o prioritate a politicii externe romanesti si ca se va implica pentru "conservarea traditiilor si a limbii materne a romanilor". "Romania garanteaza ca va fi cel mai puternic avocat in favoarea progresului catre vest si a integrarii Republicii Moldova in structurile europene. Va asiguram ca, acolo, ne vom intalni si vom face parte din marea familie europeana", spunea Basescu.
Pe de alta parte, in preajma alegerilor parlamentare din martie 2005 din Moldova, Vladimir Voronin anunta ca "parteneriatul strategic cu Rusia si integrarea Republicii Moldova in Europa nu trebuie sa se excluda". Relatiile cu Romania urmau sa fie "consolidate", dar nu mai erau deloc o prioritate.
In iulie 2005, ca reactie la o declaratie a lui Basescu privind identitatea comuna a natiunilor moldoveneasca si romana, Vladimir Voronin spunea: "Eu vad lucrurile in mod diferit: noi am fost intotdeauna si vom fi mereu moldoveni, iar tara noastra este Republica Moldova". Pina catre sfirsitul anului se intensifica eforturile pentru rezolvarea conflictului transnistrean, Chisinaul fiind de acord cu o eventuala implicare a Romaniei.
Catre sfirsitul lunii octombrie, Moscova interzicea importul de vinuri din Moldova. Tot atunci, Voronin il mai critica o data pe Basescu pentru afirmatiile lui ca in doua tari traieste un singur popor. Dorea, deasemenea, semnarea unui tratat bilateral romano-moldovean, bazat pe principiile europene, dar semnat in "limba fiecarui stat".
Anul 2006 debuteaza cu o criza a gazului in relatia dintre Chisinau si Moscova. In martie, este impus un embargou pe importurile de vin si produse alimentare din Moldova spre Rusia. Problema Transnistriei raminea tot nerezolvata.
In acest context, relatiile romano-moldovenesti se racesc aparent brusc odata cu o declaratie a presedintelui Basescu. Pe 2 iulie, seful statului roman dezvaluia, in cadrul unei intalniri cu olimpici moldoveni, ca Romania a oferit Republicii Moldova varianta de a intra impreuna in UE. El a precizat ca desi "Romania este inca separata in doua tari, unificarea se va face in interiorul Uniunii Europene, si nu altfel".
Chisinaul reactioneaza dur. Pe 11 iulie, Voronin spunea: "O perspectiva referitoare la unirea Republicii Moldova cu Romania nu exista nici chiar dupa aderarea Moldovei la UE. Arhitectii unor asemenea scenarii, oriunde s-ar afla, la Tiraspol sau la Bucuresti, trebuie sa se impace cu faptul ca aceste vise sunt irealizabile pentru totdeauna".
In conditiile presiunii economice din partea Rusiei, Moldova incearca o apropiere de aceasta tara. Pe 8 august, dupa mai bine de trei ani si jumatate, Voronin facea o vizita la Moscova, discutiile de acolo discutind despre solutionarea problemei transnistrene si reluarea exporturilor moldovenesti.
In ianuarie 2007, Basescu face o vizita oficiala la Chisinau. Romania era acum stat membru UE. Se anunta ca in scurt timp, Romania va infiinta doua consulate pentru a usura acordarea vizelor pentru cetatenii moldoveni si ca vor fi demarate procedurile pentru semnarea unui acord pe problema frontierei. Cele doua consulate nu aveau insa sa fie deschise vreodata.
In lunile urmatoare, puterea de la Chisinau acuza Bucurestiul de "politica duplicitara" si amestec in treburile interne. Erau blamate "exagerarea numarului cererilor de acordare a cetateniei romane depuse de moldoveni" si "interesul" Romaniei de a gestiona un viitor Centru european de vize. In plus, Romania era acuzata de interesul de a nu semna un Tratat politic de baza.
In august izbucnea scandalul vizelor, cu acuze la adresa unui diplomat de la ambasada din Chisinau, acuzat de primire de mita pentru a facilita acordarea vizelor cetatenilor romani. Pe 21 august, Basescu reactioneaza dur, afirmind ca acuzele Moldovei sunt o "provocare".
In 25 septembrie, Traian Basescu solicita Guvernului simplificarea la maximum a procedurii de dobandire a cetateniei romane, pentru ca Bucurestiul are o datorie morala catre moldoveni.
Tot in 2007, pe 12 decembrie, Chisinaul anunta expluzarea a doi diplomati romani pentru activitati incompatibile cu statutul de diplomat si isi recheama ambasadorul pentru consultari.
Nici anul 2008 nu a fost unul bun pentru relatiile romano-moldovene. In noiembrie, ambasadorului roman la Chisinau i se inmineaza un document prin care Bucurestiului i se cere sa se retina in a mai face "declaratii provocatoare" la adresa statalitatii, suveranitatii si integritatii teritoriale a Moldovei.
Pe 28 martie 2009, trei romani sunt expulzati din Moldova si cel putin cateva zeci sunt intorsi de la granita, ca rezultat al actiunilor intreprinse de autoritatile de la Chisinau pentru a preveni o pretinsa tentativa de destabilizare a situatiei politice inainte de alegerile parlamentare din 5 aprilie, ce ar fi fost regizata de la Bucuresti.
